Luonnonmukainen rikkakasvien torjunta perustuu viljelyteknisiin menetelmiin ja mekaaniseen torjuntaan sekä liekitykseen. Myös luonnonmukaisia torjunta-aineita voi käyttää.
Luonnonmukainen tuholaistorjunta perustuu ennaltaehkäisyyn, jossa maaperän kasvukunnosta pidetään huolta mm. kompostilannoituksella ja käytetään puhtaita kylvösiemeniä. Myös kasvinvuorottelu ja eri lajien sekaviljely ennaltaehkäisevät tuholaisten esiintymistä. Esimerkiksi valkosipuli ja kehäkukka toimivat karkotekasveina. Sipuli ja porkkana sekä tomaatti ja kaali kannattaa istuttaa vierekkäisiin riveihin.
Viljelyteknisiä keinoja ovat myös aluskasvien ja katteiden käyttö sekä haraus, pintaäestys, harjuviljely, multaus ja kitkentä.
Sammakot, siilit, päästäiset, lepakot ja leppäkertut ovat puutarhan hyötyeläimiä. Ne syövät tuholaisia, kuten etanoita, kääriäis- ja mittariperhosia sekä kirvoja.
Mäntysuopa on perinteinen torjunta-aine. Liuos tepsii pehmeisiin hyönteisiin, mm. kirvoihin ja sillä voi ruiskuttaa sieni-itiöitä pois lehtien pinnoilta. Myös yrttivedet, kuten valkosipulivesi, peltokortevesi ja nokkosvesi karkottavat tuholaisia samalla kun vahvistavat kasvia. Mäntysuopaliuos 2–5 dl nestemäistä mäntysuopaa 10 l haaleaa vettä Sekoita ja ruiskuta esim. kirvojen päälle. (Lähde: Puutarha.net)