Ikkunat ovat yleensä rakennusten heikoimmin lämpöeristetty kohta. Perinteisen kaksilasisen ikkunan vaihtaminen kolmilasiseen MSE-ikkunaan alentaa ikkunan kautta menevää energiahukkaa lähes puolella. Uusimmissa ikkunoissa päästään vielä huomattavasti parempaan tasoon.
Ikkunoiden valmistajat ovat ottaneet käyttöön vapaaehtoisen energiamerkin, joka toimii samalla periaatteella kuin kodinkoneiden energiamerkki. Energiamerkki luokittelee ikkunat A-G –luokkiin, joista A on energiansäästön kannalta paras.
Perinteisen kaksilasisen ikkunan lämmönläpäisyarvo eli U-arvo on noin 2,7 W/m2 K, kun kolmilasinen selektiivikalvolla ja ikkunoiden välissä olevalla kaasulla varustetun ikkunan lämmönläpäisykerroin on noin 1 W/m2 K.
Omakotirakentajan kannattaa valita ikkunat, joiden U-arvo on ainakin 1 - 1,4 W/m2 K. Ympäristömerkin vaatimuksissa ikkunan U-arvon tulee olla vähintään 1,3.
Selektiivi-ikkunoita saa kaikilta ikkunan valmistajilta.