Laivaliikenne kuormittaa ympäristöä yllättävän paljon muihin liikennemuotoihin verrattuna.
Suurten matkustaja-alusten energiankulutus on henkilökilometriä kohden noin kolminkertainen kotimaan lentoliikenteeseen verrattuna, kuusi kertaa suurempi tieliikenteeseen verrattuna ja peräti 18 kertaa suurempi kuin rautatieliikenteen.
Rahtiliikenteessä laiva on kuitenkin ekotehokas kulkuneuvo, kun otetaan huomioon rahdin määrä.
Itämerellä liikennöi yhteensä 3 500-5 000 alusta kuukaudessa. Suurimmat alukset ovat rahtialuksia sekä öljy- ja kemikaalitankkereita, mutta matkustajalaivojen polttoaineenkulutus on korkein ja niillä on toiseksi korkeimmat typenoksidipäästöt.
Matkustajalaivat käyttävät polttoaineena raskasta polttoöljyä tai dieselöljyä, josta aiheutuu mm. rikki-, typenoksidi- ja hiilidioksidipäästöjä.
Suuret laivayhtiöt ovat siirtyneet vähärikkiseen polttoaineeseen, mutta typenoksidipäästöt rehevöittävät Itämerta. Meriliikenteen typpipäästöt ovat suuremmat kuin maaliikenteen.
Itämerellä liikkuu vuosittain jopa 60 000 rahti- ja matkustajalaivaa. Niiden jätevedet voidaan laskea mereen kansainvälisillä vesialueilla. Jätevesien sisältämät ravinteet rehevöittävät meriä ja sisältävät myös bakteereja ja haitallisia kemikaaleja. Ongelma koskee lähinnä kansainvälistä risteily- ja rahtiliikennettä, sillä Suomesta reittiliikennettä harjoittavat varustamot ovat ilmoittaneet käsittelevänsä jätevedet satamissa.
Suuret ja hitaammin kulkevat matkustajalaivat ovat energiatehokkaampia kuin pienet ja nopeat alukset.