Maitotuotteiden ekologinen jalanjälki on varsin suuri. Maidon tuotannon ympäristöhaitoista merkittävin on vesien rehevöityminen, joka aiheutuu peltoviljelyn ravinnepäästöistä. Lehmät tuottavat myös metaania, joka on kasvihuonekaasu. Kasvihuonekaasuja aiheutuu myös mm. peltojen lannoituksesta ja maatalouskoneiden polttoaineista.
Luomumaidon tuotannossa noudatetaan luomueläintuotannon ohjeita, joihin kuuluu mm. luonnonmukaisen rehun käyttö, eloperäisten lannoitteiden käyttö ja lehmien lajinmukaisen käyttäytymisen turvaavia sääntöjä.